Ukończyła teatrologię na Uniwersytecie Jagiellońskim, a następnie Wydział Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Krakowie (1989). Od 1991 roku związana jest ze szczecińskim Teatrem Współczesnym, w którym debiutowała „Klątwą” Wyspiańskiego. Od września 1992 roku jest jego dyrektorem artystycznym.

Do najważniejszych jej realizacji należy zaliczyć polskie prapremiery sztuk Stiga Larssona „Naczelny” (1993; realizacja Teatru Telewizji - 1999), „Siostry, bracia” (1995), „Powrót skazańca” (1998) czy „Bez czułości” (1995) Clare McIntyre. Spektakle te przygotowała na małej scenie teatru – w Malarni, którą uruchomiła w 1992 roku. Tam zrealizowała również prapremierową realizację dwóch scenariuszy Marka Koterskiego „Kocham. Nas troje” (1998) oraz „Pasożyty” Mariusa von Mayenburga (spektakl przygotowany  w koprodukcji z Teatrem Polskim w Poznaniu; prapremiera polska: grudzień 2001). Na dużej scenie wyreżyserowała m.in. prapremierowe spektakle: „Magnifika” Włodzimierza Szturca (1995), „Młoda śmierć” Grzegorza Nawrockiego (1996), „Moja wątroba jest bez sensu albo zagłada ludu” Wernera Schwaba (1997), „Popcorn” Bena Eltona (1999), „Polaroidy” Marka Ravenhilla (2002 – nagroda za reżyserię na II Festiwalu Dramaturgii Współczesnej „Rzeczywistość przedstawiona” 2002 w Zabrzu; Bursztynowy Pierścień 2002 dla najlepszego przedstawienia sezonu), „Komiczną siłę” Alana Ayckbourna (2003), „Oskara i panią Różę:  Erica-Emmanuela Schmitta (2004), „Napis” Géralda Sibleyrasa (2005), „Iwonę, księżniczkę Burgunda” Witolda Gombrowicza (1996), „Balladynę” Juliusza Słowackiego (1998), „Sen nocy letniej” Williama Szekspira  (2000), „Moralność pani Dulskiej”  Gabrieli Zapolskiej (2000), „Miłość na Krymie” Sławomira Mrożka (2001), „Wyzwolenie” Stanisława Wyspiańskiego (2003), „Samobójcę” Nikołaja Erdmana (2005), „Napis”  Géralda Sibleyrasa (2005), „Wesele” Stanisława Wyspiańskiego (2007), spektakl dyplomowy studentów krakowskiej Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej – „Zatopiona katedra” Gerta Jonkego (premiera: wrzesień 2008), kolejne spektakle to: „Rowerzyści” Volkera Schmidta (koprodukcja z Teatrem im. Stefana Jaracza w Łodzi – premiera: 2009), „Migrena” Antoniny Grzegorzewskiej (prapremiera: luty 2010), „Getsemani” Davida Hare’a (prapremiera polska – 9 maja 2010, spektakl powstał w koprodukcji Teatru im. W. Bogusławskiego w Kaliszu).

Ważniejsze realizacje poza Szczecinem: „Życie wewnętrzne” Marka Koterskiego w Teatrze im. W. Bogusławskiego w Kaliszu (1989),  „Agnes” Catherine Anne w Teatrze im. W. Horzycy w Toruniu (prapremiera 1997; realizacja Teatru Telewizji: 2000), „Tylko ta pchła” Naomi Wallace (2000) oraz „Powrót na pustynię” Bernarda-Marie Koltesa (2004) w Teatrze Powszechnym w Warszawie,  „Po deszczu” Sergi Belbel (2000), „Mąż i żona” Aleksandra Fredry (2002) w Teatrze Wybrzeże w Gdańsku, „Sędziowie” Stanisława Wyspiańskiego w Teatrze im. Juliusza Osterwy w Lublinie (2005), „Miarka za miarkę”  Williama Szekspira w Teatrze Powszechnym w Warszawie (2006), „Nora”  Henryka Ibsena w Teatrze Polskim w Poznaniu  (2008), „Pieszo” Sławomira Mrożka w teatrze Wybrzeże w Gdańsku (2009), „Barbelo, o psach i dzieciach” Biljany Srbljanovic w Teatrze im. S. Jaracza w Łodzi (2010).

Dla Teatru Telewizji przygotowała „Agnes”  Catherine Anne (2000) oraz prapremierę sztuki Krzysztofa Bizio „Toksyny” (2002).

W 1995 roku  Anna  Augustynowicz otrzymała  nagrodę krytyków teatralnych Szczecina „Oko Recenzenta” za promowanie dramaturgii współczesnej, w 1996 roku nagrodę za reżyserię „Iwony, księżniczki Burgunda” na Opolskich Konfrontacjach Teatralnych  „Klasyka Polska”, w 1998 otrzymała Paszport Polityki  za  „mądre i odważne przedstawienia oraz kształt artystyczny Teatru Współczesnego w Szczecinie”, na  Festiwalu Sztuki Reżyserskiej Interpretacje w Katowicach zdobyła nagrodę główną – Laur Konrada za reżyserię spektaklu „Moja wątroba jest bez sensu albo zagłada ludu”, a wyreżyserowana przez nią  „Balladyn”a zajęła II miejsce w Ogólnopolskim Konkursie na Inscenizację Dzieł Polskich Romantyków. Uhonorowana tytułem Ambasador Szczecina 2002. W 2007 roku jury Ogólnopolskiego Konkursu na Inscenizację Utworów Stanisława Wyspiańskiego przyznało Annie Augustynowicz nagrodę główną za najwybitniejszą inscenizację – za reżyserię „Wesela”. W 2008 roku międzynarodowe jury festiwalu Boska Komedia przyznało spektaklowi specjalną nagrodę „za pełen mocy przekaz sceniczny, pozwalający współczesnej publiczności odkryć na nowo klasyczny tekst”. Na IX Ogólnopolskim Festiwalu Dramaturgii Współczesnej Rzeczywistość przedstawiona” w Zabrzu (2009) przyznano jej nagrodę za reżyserię spektaklu „Rowerzyści” Volkera Schmidta. Spektakl „Migrena” uznany został przez tygodnik „Przekrój” za jedno z 6 najlepszych przedstawień 2010 roku w Polsce.